نظرا لقدم البناء في المسجد المعظم , و للحقب الطويلة التي مرت على تشـييده , و إهماله لفترات متفاوتة , في العهود الماضية الظالمة , فقد تأثرت عمارته بدرجة عالية , شملت حدوث شـــــروخ واسعة في جدرانه , و تهدم بعض القباب فيه , و انهيار أبراجه الخارجية الداعمة لسوره بعد انهيار أجزاء واســــــعة من ذلك السور.

و بلغ الأمر حالة مزريــــة , يتحسسها ألما كل مؤمن و يكابدها حزنا و جزعا , و لم تجد كل محاولات الترقيع و الإصلاح الثانوي لبعض الأماكن من قبل بعض المحسنين جدوى

و التزاما بنهج الشريعة الغراء , و ســــــيرا على خطى الأنبياء و الأولياء و الصالحين (عليهم السلام) , في تعظيم شــــــــــعائر الله , و لما كانت بيوت الله عز وجل اشرف البقاع , و يزيد فضل أداء الصلاة فيها و الدعاء أضعافا مضاعفة على غيرها فقد استقرت النية – بعد الاتكال على العلي القدير- لدى سـماحة آية الله العظمى الفقيه السيد محمد سعيد الحكيم (دام ظله) , على التوجه لإعادة بناء المسجد لما له من قدســـية و شرف يتلمسها المرء في كل زاوية منه , حين تتعطر بعبقات رماله جباه المؤمنين الذين يأمونـــــــه كل يوم , و كل ليلة أربعاء على الخصوص فتمتد الأكف ضارعة بالدعاء , في موسم عبادة تتحســـس الروحانية فيه ألقا على الجباه , و ندى على الأكف , و عطرا على شفاه المصلين

وقد تم تشكيل هيئة للاعمار ضمت السيد ( عز الدين محمد سعيد الحكيم ) و المهندس الاستشاري السيد ( مضر عبد الهادي علي خان المدني ) مهندسا مشرفا

و قد تفضل ســــــــماحة السيد الحكيم (دام ظله) فأمر بالمباشرة بالعمل في الجهة الجنوبية و إعادة البناء فيها, مخلدا بكلمات تحمل من البيان ســـــحرا ذلك التوجه الإيماني لدى سماحته ؛ فكتب في يوم 24 ربيع الأول عام 1419 هـ
و برغم قلة الموارد و الإمكانيات , و ضغط الســـــلطة الحاكمة , و كل ما مر به البلد من أزمات ؛ فقد شـاءت إرادة الله عز وجل أن تخلد عظمة هذا المكان , فجاءت الحلة الجديدة للمسجد كأبهى ما تكون من الجانب الفني الذي يتلمســــــه كل زائر , و يتلمس معه دقة العمل فنيا ؛ و هو أمر يعود سببه الأول إلى رعاية صاحب الأمر (عجل الله فرجه) و تسديده لخطوات المتشرفين بأداء العمل في